土木工程学院是我校历史最为悠久的院系之一，办学历史溯源于公立苍霞中学堂于1908年开设的土木科。其后，土木科随着学校的更名，历经了福建公立工业专门学校（1914～1932）、福建省立高级工业职业学校（1933～1951）、福建省福州工业学校（1952～1953）、福州建筑工程学校（1953～1955）、城市建设总局福州城市建设工程学校（1956～1957）、福建建筑工程专科学校、福州建筑工程学校（并存，1958～1959）、福建建筑工程学院、福州建筑工程学校（并存，1960～1962）、福建建筑工程学校（1963～1969），受文革影响于1969年停办。

1974年复办福建建筑工程学校（中专），1978年复办福建建筑工程专科学校（大专），1994年更名为福建建筑高等专科学校，原工业与民用建筑专业更名为房屋建筑工程专业，1997年房屋建筑工程专业被评为全国首批高等工程专科示范专业。

2002年福建建筑高等专科学校和福建职业技术学院合并组建福建工程学院，成立土木工程系，开始招收土木工程专业本科生，2005年增设勘查技术与工程、交通工程两个本科专业，2014年增设城市地下空间工程本科专业。2008年土木工程专业被评为国家级特色专业，2012年土木工程系更名为土木工程学院，2013年土木工程专业列为首批地方院校国家级专业综合改革试点，2014年开始招收硕士研究生（为我校首批三个一级学科硕士点之一），办学层次和办学水平得到进一步提升。

百余年来，学校虽几易其名，但土木科的开设几乎没有中断过，迄今已培养了万余名毕业生，为海峡两岸输送了大批建筑行业骨干，并涌现出了美国工程院院士林幼堃、台湾大学著名教授卢衍琪、原全国侨联主席林兆枢、原福建省政协主席游德馨等杰出人才，为福建省社会建设与经济发展做出了重大贡献，我校也因此享有福建建筑业“黄埔军校”之美誉！

走过百余年光荣历程的土木工程学院，始终坚持立德树人的教育目标，全面深化教育教学改革，致力于内涵式发展，如今，全体土木人团结一致、众志成城，立志为学院发展续写新辉煌，为我校的内涵建设和转型发展作出新贡献！